양심적 병역거부 관련 종교적 신념 등을 이유로 병역의무 이행을 거부하는 ‘양심적 병역거부자’를 처벌하는 병역법 조항이 양심의 자유를 침해하는가를 놓고 토론이 진행 중이다.

이 법은 정당한 사유 없이 입대를 하지 않을시 3년 이하 징역에 처하게 된다. 이로 인해 양심적 병역거부자들은 병역법 위반으로 기소, 법원에서 징역 1년 6개월 간의 실형을 선고받게 된다.

이 같은 징역을 선고받을 시 제2 국민역으로 편입된다. 따라서 병역을 면제받을 수 있다. 이들은 군에 가는 대신 교도소 생활을 하는 것이다.

한편 지난 2004년 서울남부지법이 양심적 병역거부자에게 처음으로 무죄를 선고한 바 있다. 그러나 이후 대법원은 유죄를 선고, 헌재도 앞서 두 차례 모두 합헌 결정을 했다.